Простое правило, которое спасает почти всех: три копии, два разных носителя, одна лежит далеко от тебя.
Для одной машины это выглядит так.
Первая копия: рабочая папка на ноутбуке. Это оригинал, копией он не считается.
Вторая: та же папка на внешнем диске или на сервере, обновляется по расписанию.
Третья: то же самое где-то ещё, куда не дотянется твоя случайная команда.
Инструмент для начала один, rsync:
rsync -a --delete ~/rabota/ /mnt/backup/rabota/
Флаг --delete удобен и опасен одновременно: он повторяет удаления. Снесла папку, следом отработал такой запуск, копия тоже опустела. Поэтому вторая половина порядка действий это версии по датам.
rsync -a --link-dest=/mnt/backup/last ~/rabota/ /mnt/backup/$(date +%F)/
Каждый запуск делает отдельную папку с датой. Файлы, которые не менялись, места дважды не занимают.